JFM = /usr/local/share/texmf/fonts/tfm/ptex
% make n2a
% mkdir /usr/local/share/texmf/fonts/vf/jtex
% mv vf-n2a/*.vf /usr/local/share/texmf/fonts/vf/jtex
$jlatex2e_inputs = .:$TEXMF/tex/jlatex//:$TEXMF/tex/latex//:$TEXMF/tex/generic//ここで inijtex のエントリはオリジナルにはありませんが jplain.tex が pTeX 側にもあるので付け加えた方が良いでしょう。
$jtex_inputs = .:$TEXMF/tex/jtexini//:$TEXMF/plain//:$TEXMF/generic//
$amsjtex_inputs = .:$TEXMF/tex/jtexini//:$TEXMF/tex/amstex//:$TEXMF/tex/plain//:$TEXMF/generic//
$inijtex_inputs = .:$TEXMF/tex/jtexini//:$TEXMF/tex//
TEXINPUTS.jtex = $jtex_inputs
TEXINPUTS.inijtex = $inijtex_inputs
TEXINPUTS.jlatex = $jlatex2e_inputs
TEXINPUTS.amsjtex = $amsjtex_inputs
TFMFONTS は fonts と tfm の間の // を / に置き換えて
TFMFONTS = .:$TEXMF/fonts/tfm//のようにした方が良いと思います。 また pTeX 側で VARTEXFONTS を設定している場合にはその spool も見るように TFMFONTS を修正します。